Perjalanan ayah Sunan Kudus sangat erat kaitannya dengan Sunan Ampel yang pada saat itu mengajarkan ilmu agama kepada Sunan Kudus.
Istri beliau adalah adik dari Maulana Mahkdum Ibrahim atau sunan Bonang yang sama-sama berguru ke sunan Ampel. Dan beliau menikah dengan anak sunan Ampel yaitu Siti Syarifah (Nyai Ageng Maloka).
Guru lainnya, yakni Kyai Telingsing, yakni ulama berasal dari China untuk menyebarkan Islam bersama Cheng Hoo.
Jafar Shadiq atau Sunan Kudus memiliki kecerdasan luar biasa sehingga menduduki posisi bagus di Kesultanan Demak. Antara lain, yakni penasihat khalifah, qadhi, panglima perang, mufti, Imam besar, mursyid tarekat.
Sunan Kudus juga berguru bersama sunan Muria kepada sunan Ngerang (Ki Ageng Ngerang), yaitu kakek dari Ki Ageng Mertani sebagai pemikir utama terbentuknya Mataram.