Karimunjawa juga mempunyai pesona alam yang luar biasa dan berikut beberapa destinasi yang wajib di kunjungi yaitu :
· Kolam Hiu, di Desa Karimunjawa (Pulau Menjangan Besar)
· Legon Lele, di Desa Karimunjawa (Pulau Karimunjawa)
· Bukit Love, di Desa Karimunjawa Dusun Jatikerep (Pulau Karimunjawa)
· Bukit Nyamplungan, di Desa Karimunjawa (Pulau Karimunjawa)
· Bukit Joko Tuo, di Desa Karimunjawa (Pulau Karimunjawa)
· Tracking Hutan Mangrove, di Desa Kemojan (Pulau Kemujan)
· Pantai Batu Karang Pengantin, di Desa Kemojan Dukuh Karanglawang (Pulau Kemujan)
· Pantai Ujung Gelam, di Desa Karimunjawa (Pulau Karimunjawa)
· Pantai Batu Topeng, di Desa Karimunjawa (Pulau Karimunjawa)